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mimic-iv-3.1 数据库安装教程（Windows系统）

零基础快速安装 MIMICIV 数据库到本地

此教程针对 Windows 用户，如果您使用 MacOS 系统 点击查看MacOS教程

注意：数据库导入后占用硬盘超过 120G，因此请确保 C 盘有至少 130G 剩余空间

一、准备工作​

1. 下载 mimic 官方提供的数据包和导入代码​

  • mimic-iv-3.1 数据库压缩包，需自行从 physionet 官网下载

    数据库约 10G，由于官网限速，下载可能耗时 6h 以上，建议提前下载。

  • mimic-code 代码包，点击去 Github 下载。

    由于 Github 在国内访问不便，如果您无法直接下载，可扫码关注公众号图形实验室(pic-lab)并发送 mimic-code 获取代码压缩包。

2. 安装 3 个必要的软件​

提示

注意：所有软件安装时尽量不要修改安装路径，方便后续步骤开展。

  1. PostgreSQL，数据库底层服务，用于导入数据和提供查询功能。选择最新版安装（目前 17.2）。去官网下载

    安装期间，会要求输入数据库管理密码，设置一个简单的密码并务必记住。

  2. 7z，解压软件，用于解压数据，免费。 去官网下载

  3. Navicat Lite，提供管理数据库和简单查询功能，免费，注册 navicat 账号即可使用。去官网下载

二、配置环境变量​

把 7z 和 PostgresSQL 配置到环境变量。

  1. 找到你电脑上 7z 和 PostgresSQL 的安装目录。 一般是 C:\Program Files\7-Zip 和 C:\Program Files\PostgreSQL\17\bin

  2. 快捷键 Win + Q，打开系统搜索，输入 path，在搜索结果中点击 编辑系统环境变量，打开 系统属性 弹窗，点击弹窗最下方 环境变量 按钮，打开环境变量弹窗。

  3. 在 环境变量弹窗 下方的 系统变量 列表中找到 Path，双击打开

  4. 点击右上角 新建，将 7z 安装目录粘贴进去；再次新建，将 PostgresSQL 的目录粘贴。

  5. 点击确定将配置保存，再依次点击 环境变量 和 系统属性 弹窗的确定按钮，将这些弹窗关闭。

  6. 验证环境变量是否配置成功：

    在任意文件夹空白区域按住 Shift 点击鼠标右键，点击 在此处打开 powershell 窗口。

    输入 7z，按回车，有类似下方输出即表示 7z 配置成功：

    输入 psql -V，按回车，有下方输出表示 PostgreSQL 配置成功：

三、使用 Navicat 连接数据库​

打开 Navicat Lite，点击左上角的 Connection，选择 PostgreSQL，填写连接配置：

  1. 只需填写 Password一项。(安装 PostgreSQL 时设置的数据库管理密码)，其他不动。
  2. 点击左下角 Test Connection，提示 Successful 表示配置正确，点击 OK 保存。
  3. 左侧的 My Connections 列表会出现一个新的连接 localhost_5432。

四、开始导入数据​

解压 mimic-code.zip 和 mimic-iv-3.1.zip，将得到的两个文件夹放在同一个文件夹内(并列)。

打开 mimic-code 文件夹，在空白区域 Shift+右键，点击 在此处打开 Powershell 窗口，按照下面的命令依次执行：

  1. 创建数据库

    createdb mimiciv -U postgres

    按回车后会要求输入口令，输入数据库管理密码后再次按回车即可。 此步骤将创建名为 mimiciv 的数据库，没有报错就是成功。

    提示

    口令不会有*号显示，可放心输入，并不是没有输入成功

  2. 创建表结构

    psql -d mimiciv -f mimic-iv/buildmimic/postgres/create.sql -U postgres

    此步骤将创建表结构，将会看到类似如下内容:

    一切顺利的话，在 Navicat Lite 中双击 localhost_5432，就可以看到新创建的数据库和表了。

  3. 数据导入

    psql -d mimiciv -v ON_ERROR_STOP=1 -v mimic_data_dir=..\mimic-iv-3.1 -f mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sql -U postgres

    此步骤是耗时最长的数据导入过程，需要数个小时。 将看到输出如下

  4. 创建约束

    psql -d mimiciv -v ON_ERROR_STOP=1 -f mimic-iv/buildmimic/postgres/constraint.sql -U postgres

  5. 创建数据库索引

    psql -d mimiciv -v ON_ERROR_STOP=1 -f mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql -U postgres

五、创建物化视图/派生表​

此表有多种叫法，称之为物化视图/派生表/概念表都可，是从原始数据中整合的更方便使用的数据，使用这些表可以简化分析工作。

执行下面命令（每次执行一行）:

cd mimic-iv\concepts_postgres;$ENV:PGCLIENTENCODING='UTF8'

psql -d mimiciv -f postgres-make-concepts.sql -U postgres

psql -d mimiciv -f postgres-functions.sql -U postgres

六、提取数据​

  1. 方法一：使用 Navicat 连接数据库（需要学习SQL代码）

    双击 localhost_5432 连接数据库，右键刷新，可以看到刚刚导入的数据库和表。

    点击左上角的 New Query，输入 SQL 语句，点击执行查看数据。

  2. 方法二：使用 樱桃易数 提取数据（可视化查询，无需学习SQL）

    点击查看详情