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mimic-iv-3.1 数据库安装教程（MacOS系统）

零基础快速安装 MIMICIV 数据库到本地

此教程针对 MacOS 系统，如果您使用 Windows系统 点击查看Windows教程

注意：数据库导入后占用硬盘超过 120G，因此请确保硬盘有至少 130G 剩余空间

一、准备工作​

1. 下载 mimic 官方提供的数据包和代码​

  • mimic-iv-3.1 数据库的压缩包，需自行从 physionet 官网下载

    数据库约 10G，由于官网限速，下载可能耗时 6h 以上，建议提前下载。

  • mimic-code-main 代码包，点击去 Github 下载。

    由于 Github 在国内访问不便，如果您无法直接下载，可扫码关注公众号图形实验室并发送 mimic-code 获取代码压缩包。

2. 安装 2 个必要的软件​

提示

注意：所有软件安装时尽量不要修改安装路径，方便后续步骤开展。

  1. PostgreSQL，数据库底层服务，用于导入数据和提供查询功能。选择最新版安装（目前 17.4）。去官网下载

    安装期间，会要求输入数据库管理密码，设置一个简单的密码并务必记住。

    安装的最后一步记得取消勾选 Stack Builder

  2. Navicat Lite，提供管理数据库和简单查询功能，免费，注册 navicat 账号即可使用。去官网下载

二、配置环境变量​

打开系统自带的终端APP（一般位于启动台中的『其他』文件夹内）。

输入以下命令，将 PostgreSQL 安装目录添加到环境变量中：

# 每次一行，粘贴到终端中按回车，没有报错就是成功
echo 'export PATH="/Library/PostgreSQL/17/bin:$PATH"' >> ~/.zshrc
source ~/.zshrc

验证是否安装成功​

在终端中输入 psql -V，按回车，有下方输出表示 PostgreSQL 配置成功：

三、使用 Navicat 连接数据库​

打开 Navicat Lite，点击左上角的 Connection，选择 PostgreSQL，填写连接配置：

  1. 只需填写 Password一项。(安装 PostgreSQL 时设置的数据库管理密码)，其他不动。
  2. 点击左下角 Test Connection，提示 Successful 表示配置正确，点击 OK 保存。
  3. 左侧的 My Connections 列表会出现一个新的连接 localhost_5432。

四、开始导入数据​

分别双击 mimic-code-main.zip 和 mimic-iv-3.1.zip，将两个压缩包解压，确保得到的两个文件夹在同一个文件夹内(并列)。

在终端中输入以下命令，进入解压后的 mimic-code 文件夹

cd ~/Downloads/mimic-code-main # 如果你是用浏览器下载的 mimic-code-main 压缩包，一般就是这个路径，如果不是，自行替换成实际所在路径
提示

如果你不知道如何在终端里进入实际路径，可以在仿达中打开解压后的文件夹，右键窗口最底部的路径，选择『在终端中打开』。

  1. 创建数据库

    createdb mimiciv -U postgres

    按回车后会要求输入口令，输入数据库管理密码后再次按回车即可。 此步骤将创建名为 mimiciv 的数据库，没有报错就是成功。

    提示

    口令不会有*号显示，可放心输入，并不是没有输入成功

  2. 创建表结构

    psql -d mimiciv -f mimic-iv/buildmimic/postgres/create.sql -U postgres

    此步骤将创建表结构，将会看到类似如下内容:

    一切顺利的话，在 Navicat Lite 中双击 localhost_5432，就可以看到新创建的数据库和表了（如果没有，按 ⌘ + R 刷新）。

  3. 数据导入

    psql -d mimiciv -v ON_ERROR_STOP=1 -v mimic_data_dir=../mimic-iv-3.1 -f mimic-iv/buildmimic/postgres/load_gz.sql -U postgres

    此步骤是耗时最长的数据导入过程，需要数个小时。 将看到输出如下

  4. 创建约束

    psql -d mimiciv -v ON_ERROR_STOP=1 -f mimic-iv/buildmimic/postgres/constraint.sql -U postgres

  5. 创建数据库索引

    psql -d mimiciv -v ON_ERROR_STOP=1 -f mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql -U postgres

五、创建物化视图/派生表​

此表有多种叫法，称之为物化视图/派生表/概念表都可，是从原始数据中整合的更方便使用的数据，使用这些表可以简化分析工作。

依次执行下面两行命令:

cd mimic-iv/concepts_postgres

psql -d mimiciv -f postgres-make-concepts.sql -U postgres

psql -d mimiciv -f postgres-functions.sql -U postgres

六、提取数据​

  1. 方法一：使用 Navicat 连接数据库（需要学习SQL代码）

    双击 localhost_5432 连接数据库，右键刷新，可以看到刚刚导入的数据库和表。

    点击左上角的 New Query，编写 SQL 语句，点击执行查看数据。

  2. 方法二：使用 樱桃易数 提取数据（可视化查询，无需学习SQL）

    点击查看详情